Senza dubbio il convento dei frati cappuccini, nel quale è conservata a camera in cui San Pio ricevette le stimmate e dove tutto parla di lui, delle sua vita e dei suoi insegnamenti di vita. Annessa al Convento, la Chiesa di Santa Maria delle Grazie, quella in cui il Santo per tanti anni ha detto messa. E il nuovo Santuario di San Pio da Pietralcina, inaugurato nel 2004 dopo dieci anni di lavori diretti dall’architetto Renzo Piano.
San Giovanni Rotondo è molto conosciuto anche per l’ospedale fortemente voluto dall’allora padre Pio. “Casa Sollievo della Sofferenza” che il frate amava definire “la pupilla dei miei occhi”, è oggi uno dei centri ospedalieri più importanti della regione e non solo, dove ancora si cerca di operare secondo le regole e gli insegnamenti del frate fondatore.
Ancora, da visitare ricordiamo: la Via Crucis monumentale con 14 stazioni bronzee realizzate dallo scultore Francesco Messina; il Monastero delle Clarisse, da cui si dipartono sentieri naturalistici realizzati dell’Ente Parco Nazionale del Gargano.
Nel centro storico del paese, la Chiesa di Sant’Orsola, con pregevoli tele del Seicento e Settecento.
Antistante le piazza dove sorge il monumento a Padre Pio dello scultore Pericle Fazzini, la Chiesa di S. Leonardo Abate (Chiesa Madre).
Sul prospetto della Chiesa di Sant’Onofrio è visibile un’epigrafe dedicatoria di Federico II; all’interno tracce di affreschi e una natività di A. Ciccone.