Sulla vera storia che porta alla nascita di San Giovanni Rotondo, esistono varie leggende; una racconta di un paesino arroccato sulla cima di un colle privo d’acqua, un giorno gli abitanti si accorsero che i maiali avevano il grugno bagnato. Seguiti gli animali , gli uomini trovarono un laghetto ai piedi del colle e decisero di costruirci il nuovo villaggio.

Un’altra storia racconta invece dell’esistenza in passato di vari insediamenti e che da questi sarebbe nata la città di San Giovanni Rotondo.

Qualunque sia la verità è certo che l’attuale centro storico di San Giovanni Rotondo risale intorno all’anno 1000, e che la presenza d’acqua e la vicinanza ad un’importante strada, faranno di questo centro il più forte rispetto agli altri casali nei dintorni. Ad est dell’abitato, sorgeva la chiesa di San Giovanni Battista, o della Rotonda come viene chiamata in paese dagli abitanti di San Giovanni Rotondo. Il nome della città deriverebbe dalla forma circolare della chiesetta, San Giovanni, appunto, Rotondo.

Fino alla metà del Duecento San Giovanni Rotondo fu sotto il controllo dell’Abbazia benedettina di San Giovanni Lamis, oggi convento di San Matteo. Il 21 Settembre del 1273 è una data storica per San Giovanni Rotondo, accadde che l’abate Parisio assegna al nobile d’Helamant il casale per quaranta once d’oro all’anno. Liberatasi dall’egemonia della potente abbazia, i cittadini intensificarono le proprie attività economiche, estesero il controllo sul territorio circostante e costruirono una cinta muraria protetta da diverse torri, alcune di queste tutt’ora visibili.